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Des arbres en milieu […]

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Photo portrait de Annabel Porté, souriante à la montagne.

© Annabel Porté

Annabel Porté

Une vie sous les feuillages

Le ronronnement de la cafetière, le claquement des portes, le murmure de conversations… Au milieu d’une forêt sonore, nous rencontrons Annabel Porté, directeure de recherches à INRAE qui exerce ses fonctions au laboratoire BIOGECO (INRAE –  université de Bordeaux) à Bordeaux. Des arbres en milieu urbain à ceux en berge de rivière, ou encore des arbres invasifs à autochtones, vous l’aurez compris, Annabel a un penchant… pour les arbres.

Annabel Porté travaille sur l’écologie forestière et cherche notamment à comprendre le fonctionnement et la dynamique de croissance ou de survie des arbres en réponse au changement climatique. Elle aime travailler avec les acteur·ice·s de la région afin que ses recherches puissent leur être utiles. Face au changement climatique, quelles espèces d’arbres pourrait-on planter en ville qui feraient de l’ombre tout en résistant à un climat plus sec et plus chaud ? C’est une des questions que se pose Annabel avec les gestionnaires de la ville de Bordeaux depuis 2019. Actuellement, par exemple, elle étudie si le chêne chevelu, qui est la principale espèce de chêne à Bordeaux, est plus adapté que le chêne pédonculé face au changement climatique. 

 

Après la question « Qu’est-ce qu’on plante ? » vient la question « Comment on plante ? ». De plus en plus de micro-forêts voient le jour dans les villes selon une certaine méthode de plantation appelée « Miyawaki ». Annabel Porté s’y est donc intéressée et a notamment participé à l’écriture d’un article dans The Conservation discutant de la pertinence de cette méthode (Porté et al., 2021). Toutefois, « en tant que chercheur·e·s, on étudie les recommandations des gestionnaires et on leur apporte des éléments de réponse mais ce sont eux qui prennent la décision finale », nous confie Annabel.

Le déclic d’Annabel

Est-ce qu’on naît chercheur·e ? Non. Annabel Porté nous avoue : « Je ne voulais pas faire de recherche, je ne savais pas ce que je voulais faire à part que je voulais travailler sur les arbres. » Quel chemin a-t-elle parcouru pour que naisse en elle la volonté de faire de la recherche ? 

 

Tout commence lorsque Annabel réalise sa première semaine de stage, dans le cadre de sa prépa, dans un laboratoire de biologie moléculaire près de Saclay… Un stage qui ne lui a pas du tout plu. « Après ce stage, j’imaginais que la recherche c’était ça : des labos, des micro-pipettes, des gels de migration… Ça ne m’intéressait pas », confesse Annabel. Mais l’avenir lui réserve des surprises.

En 1992, elle entreprend une école d’ingénieur·e·s agronomes à Paris (autrefois nommé INA-PG). C’est lors de son stage en deuxième année que son opinion va changer : « Je suis allée faire un stage à l’INRA (désormais nommé INRAE) de Nancy. J’étais avec une équipe qui travaillait sur l’écologie des forêts en pleine nature et j’ai découvert qu’on pouvait faire de la recherche sans être enfermé dans un laboratoire. Et donc c’est là que j’ai dit : je veux faire ça. »

 

Suite à cette expérience, Annabel change sa spécialité de troisième année d’école pour faire un master en écologie générale à l’Université d’Orsay à Paris. C’est alors le début de sa carrière de chercheure. Elle commence sa première année de thèse à Bordeaux, toujours à l’Université d’Orsay, qu’elle soutiendra en 1999. Durant trois ans, Annabel a ainsi développé un modèle pour prédire la croissance du pin maritime face aux sécheresses dues au changement climatique.

 

Elle voyage ensuite jusqu’au Pays-Bas à l’université d’agriculture de Wageningen pour faire un post-doctorat avant de revenir au bout d’un an en France car elle réussit le concours pour être chercheure à INRA d’Avignon. « Maintenant les jeunes galèrent beaucoup plus parce que les postes permanents sont ouverts de plus en plus tard, ajoute Annabel, moi j’ai eu la voie royale. J’ai eu de la chance. »

 

Elle décide finalement de retourner à Bordeaux en 2003, toujours au sein de l’INRA, pour étudier le comportement envahissant des espèces invasives afin d’aider notamment des gestionnaires à limiter la propagation de certaines de ces espèces ou de prédire leur répartition face aux futures nouvelles conditions climatiques.

Annabel Porté récolte des branches dans le centre-ville de Bordeaux. Crédit : Pauline Colombet

Annabel Porté récolte des branches dans le centre-ville de Bordeaux.

© Pauline Colombet

Pour moi, la photosynthèse est la réaction
la plus magnifique et merveilleuse de cette planète.

Faire corps avec les arbres

Pourquoi étudier les arbres et pas les langoustes de mer ou les superbes pycnogonides (oui personne ne connaît cet animal) ? « J’aime bien les arbres. » Une réponse claire et efficace. « J’aimais les arbres quand j’étais petite, je leur donnais des noms dans le jardin », se remémore Annabel. Mais c’est au lycée que tout a basculé : « En seconde, on a fait une expérience que j’ai trouvée fantastique : on a utilisé une élodée, une petite algue du Canada, qu’on a mis dans un tube rempli d’eau. Puis, quand on lui amenait de la lumière, on voyait augmenter la fréquence des bulles qui sortait de l’élodée grâce à tous les processus photosynthétiques de la plante qui la faisaient dégazer.  Il faut quand même comprendre que c’est la plante qui utilise des composés qui sont inorganiques (des gaz et de l’eau) pour faire de la matière organique ! Pour moi, c’est la réaction la plus magnifique et merveilleuse de cette planète. » Qui aurait pu penser que la photosynthèse puisse être aussi fascinante ?

Annabel Porté réalise des mesures de la phénologie, les événements saisonniers des arbres, des chênes rouges en forêt. Photo de Nastasia Merceron.

Annabel Porté réalise des mesures de la phénologie, des caractéristiques d’événements saisonniers des arbres, des chênes rouges en forêt.

© Nastasia Merceron

Est-ce que les scientifiques passent leur vie à chercher sans jamais trouver ?

C’est ce que semblent penser beaucoup de personnes… et Annabel aussi, à ses débuts : « J’avais peur d’être frustrée parce que je me disais que, quand on est chercheur·e, on n’arrive jamais au bout, on ne trouve jamais la réponse. Et c’est vrai parce que lorsqu’on part d’une grande question, on la décline en plein d’autres questions et toutes ces questions-là on y répond. Donc on n’arrive jamais au bout mais en même temps on arrive toujours au bout. »

 

La curiosité est le maître-mot pour qualifier un·e chercheur·e ! « Il faut avoir envie de comprendre et de trouver des nouvelles réponses en permanence, assure Annabel, quelque chose qu’on sait déjà ne nous intéresse plus. Ma motivation c’est de comprendre et d’amener des nouvelles connaissances qui apporteront des réponses à d’autres personnes. »

Pour aller plus loin :

PORTÉ, Annabel, CASTAGNEYROL, Bastien et PLOMION, Christophe, 2021. Méthode Miyawaki : pourquoi les « microforêts » ne sont pas vraiment des forêts. The Conversation [en ligne]. 24 février 2021. [Consulté le 18 novembre 2023]. Disponible à l’adresse : http://theconversation.com/methode-miyawaki-pourquoi-les-microforets-ne-sont-pas-vraiment-des-forets-155091

 

Le conseil plein d’espoir de Annabel : « Il faut faire ce qu’on a envie de faire car on n’est jamais meilleur·e que là où on a envie d’être. »

 

Claire Shigo

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]]> Émilie Pacary https://corps.dealersdescience.com/emilie-pacary/?utm_source=rss&utm_medium=rss&utm_campaign=emilie-pacary Tue, 19 Dec 2023 16:24:28 +0000 https://corps.dealersdescience.com/?p=1917 © Émilie Pacary Émilie Pacary Portrait d’une chercheure en neurosciences Nous avons rencontré Émilie Pacary, chercheure au Neurocentre Magendie de l’Inserm et l’université de Bordeaux au sein de l’équipe Neurogénèse et physiopathologie. Dans le bureau qu’elle occupe, au côté du postdoctorant qu’elle encadre, elle nous raconte son parcours et son expérience professionnelle au travers des […]

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Photo de la chercheuse Emilie Pacary

© Émilie Pacary

Émilie Pacary

Portrait d’une chercheure en neurosciences

Nous avons rencontré Émilie Pacary, chercheure au Neurocentre Magendie de l’Inserm et l’université de Bordeaux au sein de l’équipe Neurogénèse et physiopathologie. Dans le bureau qu’elle occupe, au côté du postdoctorant qu’elle encadre, elle nous raconte son parcours et son expérience professionnelle au travers des projets qui l’ont poussée à se lancer corps et âme dans les neurosciences.

Un fil rouge cérébral

Émilie Pacary a grandi dans la région Normandie. Avec son bac général en poche, elle entame ses études par un diplôme universitaire de technologie (DUT) en génie biologique pendant deux ans. Elle continue son parcours avec une maîtrise des sciences et techniques spécialisée en physiologie et biologie appliquées réalisée à Rouen. Pendant sa deuxième année de maîtrise, elle passe deux mois de stage au laboratoire Cyceron de l’université de Caen qui travaille sur les accidents vasculaires cérébraux (AVC). Elle persévère dans cette voie avec une année de diplôme d’études approfondies (DEA) puis une thèse dans ce même laboratoire où elle travaille alors sur des stratégies permettant de traiter les AVC plus tardivement. C’est durant ces trois années de thèse qu’Émilie Pacary va réellement faire son « entrée dans le monde de la neurogénèse ». Pour approfondir son expertise, elle s’installe à Londres pour cinq années de post-doctorat. Elle s’intéresse alors particulièrement à la migration des neurones dans le cerveau au cours de la phase embryonnaire. En 2012, retour en France au Neurocentre Magendie de l’Inserm et l’université de Bordeaux où elle obtient un poste permanent de chercheure. Cette nouvelle étape est l’occasion de combiner ce qu’elle a appris sur le cerveau embryonnaire pendant son post-doctorat et sur le cerveau adulte pendant sa thèse afin de « comprendre les différences entre les neurones générés au cours du développement et ceux générés à l’âge adulte ».

Le cerveau au cœur de la recherche

Émilie Pacary travaille la neurogénèse, le processus qui permet à une cellule souche de se différencier en neurone. Nous savons depuis longtemps que ce processus se déroule durant la vie fœtale et les premières années de la vie d’un individu. Mais ces 20 dernières années, il a été démontré chez la plupart des mammifères que la neurogenèse se déroule également durant la vie adulte, c’est-à-dire que de nouveaux neurones sont générés tout au long de la vie d’un individu. Chez l’être humain, le débat sur l’existence de ce phénomène n’est pas encore tranché. Malgré tout, il semblerait que des cellules immatures identifiées dans le cerveau soient capables de devenir des neurones à l’âge adulte et plus particulièrement dans une zone très précise du cerveau qui se nomme le gyrus denté de l’hippocampe. C’est une structure utile dans les fonctions de mémoire et de régulation des émotions. La chercheure tente de mettre en lumière les différences qu’il existe entre les neurones générés pendant le développement et ceux générés dans l’hippocampe à l’âge adulte.

Image de neurones granulaires dans le gyrus denté d’une souris adulte

Granular neurons of the dentate gyrus generated in an adult mouse and labelled thanks to an injection of retrovirus coding for GFP and after clearing of the brain. 

 

© Pierre Mortessagne, Émilie Pacary (Neurocentre Magendie, Univ. Bordeaux, INSERM) and Jérémie Teillon (Univ. Bordeaux, CNRS, INSERM)

C’est un beau métier mais il ne faut pas le faire
si on n’est pas passionné.

Un projet de vie

Image de neurones granulaires dans le gyrus denté d’un cerveau postnatal

Granular neurons of the dentate gyrus generated in the early postnatal brain and labelled thanks to an injection of retrovirus coding for GFP or RFP.

 

© Thomas Kerloch, Émilie Pacary (Neurocentre Magendie, Univ. Bordeaux, INSERM)

Durant sa carrière au sein du Neurocentre Magendie, Émilie Pacary a participé à un projet de recherche financé par l’Agence nationale de la recherche (ANR) intitulé « Développement et fonction de nouveaux neurones dans l’hippocampe adulte : exploration du rôle clé joué par Rnd2 ». Elle s’est intéressée à une famille de protéines, les RhoGTPases et en particulier à Rnd2 car c’est le seul membre de cette famille particulièrement enrichi dans la zone du cerveau où se produit la neurogénèse adulte. Afin d’étudier ce gène, elle a réalisé des tests sur des souris qui ont consisté à empêcher le gène de fonctionner dans les neurones nouvellement générés à l’âge adulte et ce afin de déterminer les conséquences sur leur développement mais aussi l’impact sur le comportement de l’animal. Les résultats ont montré que Rnd2, présent dans le cerveau embryonnaire et adulte agissait plus particulièrement sur les neurones générés à l’âge adulte. Les souris n’exprimant pas le gène Rnd2 à l’âge adulte étaient significativement plus anxieuses lors des tests comportementaux réalisés.

Le chercheur, une espèce solitaire ?

Émilie Pacary acquiesce quant à l’existence de ce préjugé. Il existe dans la société une image erronée du chercheur qui travaillerait tout seul, « avec ses petites lunettes et son petit microscope ». Mais le chercheur doit effectuer de nombreuses tâches en dehors de son laboratoire, ce n’est d’ailleurs pas là qu’il passe la majorité de son temps de travail. En effet, le chercheur doit régulièrement trouver de nouveaux financements, encadrer des étudiants et participer à de nombreux jury d’évaluations, ou encore lire de nombreuses publications de ses confrères et consœurs pour suivre l’actualité de la recherche. Selon Émilie Pacary, « c’est difficile de faire de la recherche tout seul dans son coin » car toutes les équipes de recherche doivent faire des collaborations avec d’autres laboratoires. « Il faut vraiment interagir le plus possible avec d’autres chercheurs », cela permet de discuter de ses résultats mutuels mais également de se conseiller et de proposer des idées.

Pour aller plus loin :

L’action de la protéine Rnd2 dans le gyrus denté et le rôle dans le comportement : 

Kerloch, T., Farrugia, F., Bouit, L. et al. The atypical Rho GTPase Rnd2 is critical for dentate granule neuron development and anxiety-like behavior during adult but not neonatal neurogenesis. Mol Psychiatry 26, 7280–7295 (2021). https://doi.org/10.1038/s41380-021-01301-z

Émilie Pacary nous a raconté l’un des souvenirs les plus marquants de sa carrière. Pendant son post-doctorat, elle a réussi à monter une vidéo de migration des neurones dans le cerveau qui confirmait tous les travaux antérieurement effectués. Le moment où elle a montré cette vidéo à ses collègues est encore gravé dans sa mémoire car en recherche beaucoup de travaux ne mènent pas directement à des résultats. Pour elle c’était « un petit moment de joie qui fait du bien car on y avait passé beaucoup de temps ». Elle conclut la narration de ce souvenir par un commentaire : « c’est un beau métier mais il ne faut pas le faire si on n’est pas passionné ».

Dana Fontana

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]]> Théo Désigaux https://corps.dealersdescience.com/theo-desigaux/?utm_source=rss&utm_medium=rss&utm_campaign=theo-desigaux Tue, 19 Dec 2023 16:02:43 +0000 https://corps.dealersdescience.com/?p=2502 Théo Désigaux Rencontrez Théo Désigaux, doctorant au laboratoire BioTis (Inserm – université de Bordeaux) qui étudie le dialogue des cellules de tumeur du sein avec leur écosystème, après radio/chimiothérapie, en utilisant des technologies de bioimpression. Guilhem Ballion | Lou-Anne Cailleau Peoc’h | Clélie Henno | Eloïse Meyer | Claire Shigo Retour sur la page Portraits

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Théo Désigaux

Rencontrez Théo Désigaux, doctorant au laboratoire BioTis (Inserm – université de Bordeaux) qui étudie le dialogue des cellules de tumeur du sein avec leur écosystème, après radio/chimiothérapie, en utilisant des technologies de bioimpression.

Guilhem Ballion | Lou-Anne Cailleau Peoc’h | Clélie Henno | Eloïse Meyer | Claire Shigo

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]]> Vanja Sisirak https://corps.dealersdescience.com/vanja-sisirak/?utm_source=rss&utm_medium=rss&utm_campaign=vanja-sisirak Tue, 19 Dec 2023 16:02:38 +0000 https://corps.dealersdescience.com/?p=2690 Vanja Sisirak Vanja Sisirak est chercheur en immunologie au sein du laboratoire ImmunoConcept. Nous avons eu la chance de le rencontrer et d’échanger avec lui sur son parcours et son métier de chercheur en médecine. Léna Quartermaire | Marthe Cazet | Jeanne Ducourneau | Victoire Hernandez Retour sur la page Portraits

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Vanja Sisirak

Vanja Sisirak est chercheur en immunologie au sein du laboratoire ImmunoConcept. Nous avons eu la chance de le rencontrer et d’échanger avec lui sur son parcours et son métier de chercheur en médecine.

Léna Quartermaire | Marthe Cazet | Jeanne Ducourneau | Victoire Hernandez

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]]> Ludovic Jaubert https://corps.dealersdescience.com/ludovic-jaubert/?utm_source=rss&utm_medium=rss&utm_campaign=ludovic-jaubert Tue, 19 Dec 2023 16:02:33 +0000 https://corps.dealersdescience.com/?p=2681 Ludovic Jaubert Ludovic Jaubert est chercheur au Laboratoire Ondes et Matière d’Aquitaine (LOMA) au Centre national de la recherche scientifique (CNRS). Au sein de l’équipe Théorie de la Matière Condensé, il travaille sur la frustration magnétique pour comprendre comment les atomes interagissent entre eux dans un cristal afin d’être tous « satisfaits ». Elisa Bézier […]

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Ludovic Jaubert

Ludovic Jaubert est chercheur au Laboratoire Ondes et Matière d’Aquitaine (LOMA) au Centre national de la recherche scientifique (CNRS). Au sein de l’équipe Théorie de la Matière Condensé, il travaille sur la frustration magnétique pour comprendre comment les atomes interagissent entre eux dans un cristal afin d’être tous « satisfaits ».

Elisa Bézier | Julien Campet | Julie Farinacci | Dana Fontana | Charlotte Nassoy

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]]> Sarah Joiret https://corps.dealersdescience.com/sarah-joiret/?utm_source=rss&utm_medium=rss&utm_campaign=sarah-joiret Tue, 19 Dec 2023 16:02:19 +0000 https://corps.dealersdescience.com/?p=2654 Sarah Joiret Sarah Joiret est doctorante au Laboratoire d’Astrophysique de Bordeaux. Au sein de l’équipe ECLIPSE (Exoplanets , climates and planetary systems evolution), elle étudie la formation du système solaire grâce à des simulations numériques. Originaire de Belgique, elle co-anime une page Instagram de médiation sur le thème de l’astrophysique. Léa Morillon | Nino Quillent-Elinguel […]

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Sarah Joiret

Sarah Joiret est doctorante au Laboratoire d’Astrophysique de Bordeaux. Au sein de l’équipe ECLIPSE (Exoplanets , climates and planetary systems evolution), elle étudie la formation du système solaire grâce à des simulations numériques. Originaire de Belgique, elle co-anime une page Instagram de médiation sur le thème de l’astrophysique.

Léa Morillon | Nino Quillent-Elinguel | Thomas Tessier | Éléonore Verne

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]]> Hannah Kaminski https://corps.dealersdescience.com/hannah-kaminski/?utm_source=rss&utm_medium=rss&utm_campaign=hannah-kaminski Tue, 19 Dec 2023 16:02:15 +0000 https://corps.dealersdescience.com/?p=2218 © Hannah Kaminski Hannah Kaminski La recherche au service de la médecine Hannah Kaminski est à la fois médecin au Centre hospitalo-universitaire (CHU) de Bordeaux et chercheuse au laboratoire Immunoconcept où elle étudie la réponse immunitaire du corps humain face au cytomégalovirus après une greffe de rein. Son double statut lui permet de donner du […]

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Photographie en noir et blanc d'Hannah Kaminski. La jeune femme est penchée en direction de l'objectif, elle sourit. Elle a les cheveux longs et ondulés et porte des boucles d'oreille et un maquillage léger

© Hannah Kaminski

Hannah Kaminski

La recherche au service de la médecine

Hannah Kaminski est à la fois médecin au Centre hospitalo-universitaire (CHU) de Bordeaux et chercheuse au laboratoire Immunoconcept où elle étudie la réponse immunitaire du corps humain face au cytomégalovirus après une greffe de rein. Son double statut lui permet de donner du sens à ses recherches en se basant sur ce qu’elle observe chez les patient·e·s qu’elle reçoit en consultation à l’hôpital. 

Médecin et chercheuse : deux métiers très différents

Les études de médecine sont réputées pour être longues. Qu’en est-il alors quand on y intègre une filière scientifique ? Hannah Kaminski a réussi à imbriquer les deux. Des cours supplémentaires et un stage en laboratoire lui ont permis de valider l’équivalent d’un master de recherche pendant ses années d’internat (1). C’est après son clinicat (2) où elle exerçait en tant que médecin qu’elle se lance dans une thèse pendant quatre ans. Ce parcours de recherche peut être commencé dès la deuxième année de médecine mais en l’intégrant plus tardivement, Hannah a pu lier son sujet de thèse et ce qu’elle observait chez les patient·e·s de l’hôpital. C’est ce qu’on appelle la recherche translationnelle. « Si en tant que médecin, on s’intéresse à une maladie, faire de la recherche permet de mieux comprendre comment elle fonctionne », explique Hannah. Cependant, les métiers de chercheuse et de médecin sont très différents et il lui a fallu apprendre les techniques de laboratoire : par exemple, la culture cellulaire qui permet de faire grandir des cellules en dehors de l’organisme pour pouvoir mener des expériences. Elle se sert également de la cytométrie en flux pour compter et classer les différentes populations de cellules étudiées.

1 : Les étudiant·e·s en médecine sont internes à partir de la 7e année. Pendant 4 à 6 ans, ils/elles font partie d’une équipe médicale sous la responsabilité des praticien·ne·s qui les forment et suivent également des enseignements théoriques.

 

2 : Le clinicat est une période facultative de deux ans après l’internat où le·la docteur·e nouvellement diplômé·e est chargé·e des soins et de la formation d’étudiant·e·s en milieu hospitalier.

L’envie de nouer une relation avec les patient·e·s

Pendant ses études de médecine, Hannah s’intéresse aux maladies infectieuses. Au cours de sa formation, un stage en service de transplantation rénale la met face à de nombreux cas d’infections dues aux traitements anti-rejet administrés après une greffe. Elle comprend alors la forte relation entre l’hôte et le microbe. Hannah a également trouvé dans le service de néphrologie le côté humain qu’elle recherchait. En effet, après une greffe, les patient·e·s sont suivi·e·s et reviennent régulièrement la voir, lui permettant de nouer une certaine relation avec eux/elles et avoir une vision plus large de leur parcours.

Photographie de différentes plaquettes de médicaments de différentes formes et tailles, dans les tons de bleus et de gris froids.

Les traitement anti-rejet visent à éviter que le système immunitaire du/de la patient·e transplanté·e rejette le nouvel organe, considéré comme étranger par le corps.

© Christine Sandu – Unsplash

Si en tant que médecin, on s’intéresse à une maladie,

faire de la recherche permet de mieux comprendre

comment elle fonctionne.

Mesurer la réponse immunitaire pour améliorer la qualité de vie

Hannah fait partie d’Immunconcept, un laboratoire du CNRS et de l’université de Bordeaux pour lequel l’Inserm est un partenaire majeur. Au sein de son équipe de recherche, elle cherche à comprendre la réponse du système immunitaire vis-à-vis du cytomégalovirus après une transplantation d’organes. Cet herpèsvirus est connu pour son risque d’atteinte du fœtus chez la femme enceinte, pouvant provoquer une surdité chez le nouveau-né. Attrapé par un individu en bonne santé, il passe généralement inaperçu car reste dormant à l’intérieur des cellules du corps. Cependant, après une greffe, les traitements anti-rejet affaiblissent le système immunitaire du/de la patient·e qui présente alors plus de risque d’être malade à cause du virus. 

Pourquoi s’intéresser spécifiquement au cytomégalovirus ? « On a remarqué que suite à une infection au cytomégalovirus, la population de lymphocytes T gamma delta (des cellules impliquées dans la réponse immunitaire, ndlr) s’amplifie dans le sang des patient·e·s, en corrélation avec la guérison de l’individu, explique-t-elle. C’est à partir de cette observation que l’étude a commencé. » Ces cellules pourraient ainsi servir de biomarqueurs pour définir quel·le·s patient·e·s auraient le plus de risque d’être malades et donc à qui administrer un traitement préventif. Cette personnalisation de la prise en charge après une transplantation permettrait une meilleure consommation des traitements qui, en plus de présenter un certain coût, peuvent avoir des effets toxiques sur le corps.

Une bannière où on peut voir une photo en noir et blanc d'un homme et d'une femme en tenue chirurgicale (charlotte, masque, blouse et gants jetables). Ils manipulent des pinces chirurgicales sous un projecteur. Des lignes colorées habillent la bannière. En-dessous est écrit "HORUS" et "Funded by the European Union"

Le projet Horus vise à étudier les interactions hôte/cytomégalovirus lors de transplantation d’organes en réunissant 24 partenaires européens de disciplines différentes.

© Horus project

Une problématique qui ne date pas d’hier

Prédire la réponse du système immunitaire s’avère complexe car elle implique de multiples acteurs cellulaires. Pour encourager la recherche fondamentale dans la compréhension de la relation hôte/virus, le projet horizon Europe 2021-2027 a accordé à l’équipe de recherche un financement pour développer un outil de mesure de la réponse immunitaire qui prendrait en compte tous les acteurs du contrôle de cette réponse et l’impact des différents traitements anti-rejet. Cet axe de recherche implique d’autres laboratoires à travers l’Europe afin de croiser les disciplines et les connaissances sur le système immunitaire.

Recherche publique et recherche privée : une réelle compétition ?

Nous avons interrogé Hannah sur un a priori qui entoure la recherche dans le domaine de la santé : les laboratoires privés et publiques seraient en compétition par rapport aux financements et à l’acquisition des connaissances. Hannah voit plutôt ces deux types de recherche comme complémentaires. « Elles n’en sont pas au même moment du développement des connaissances », ajoute-t-elle. En effet, les industriel·le·s peuvent être intéressé·e·s par la recherche clinique menée par les médecins chercheur·e·s pour tester certaines molécules dans une situation particulière. Hannah nous donne l’exemple d’Agathe Depaire, une doctorante de l’université de Bordeaux qui étudie les cellules immunitaires de la peau et travaille à la fois avec Immunoconcept et une entreprise ayant développé une peau artificielle.

Cependant, entre deux laboratoires travaillant sur le même sujet, « la différence ne se fera pas au niveau des “cerveaux” mais au niveau des financements » comme le dit Hannah. Selon elle, il y aurait plus de compétition entre les laboratoires académiques qui se placent au même niveau de la recherche.

Hannah nous partage une citation de Daniel Cordier par laquelle elle avait débuté sa thèse :

« Il n’y a que les passionnés qui vivent, les raisonnables durent. »

Pour elle, être heureux·se dans son travail est l’un des plus grands bonheurs. Même si la recherche semble être un métier difficile, si c’est vraiment ce qui nous plaît, « il faut foncer ! ».

Éléonore Verne

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]]> Alina Surubaru https://corps.dealersdescience.com/alina-surubaru/?utm_source=rss&utm_medium=rss&utm_campaign=alina-surubaru Tue, 19 Dec 2023 14:55:31 +0000 https://corps.dealersdescience.com/?p=2070 © Alina Surubaru Alina Surubaru C’est sur le campus Victoire à l’université de Bordeaux que nous sommes parties à la rencontre d’Alina Surubaru, maîtresse de conférence en sociologie au centre Emile Durkheim (CNRS, université de Bordeaux, Sciences Po Bordeaux) depuis 2014. En 2019, elle et son équipe se sont vu attribuer un financement de l’Agence […]

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Photographie Alina Surubaru

© Alina Surubaru

Alina Surubaru

C’est sur le campus Victoire à l’université de Bordeaux que nous sommes parties à la rencontre d’Alina Surubaru, maîtresse de conférence en sociologie au centre Emile Durkheim (CNRS, université de Bordeaux, Sciences Po Bordeaux) depuis 2014. En 2019, elle et son équipe se sont vu attribuer un financement de l’Agence nationale de la recherche (ANR) pour le programme de recherche « Predict-Op : Un marché à risque ? L’émergence de la maintenance prédictive militaire en France ». Partons à la rencontre de cette chercheuse passionnée par la sociologie. 

D’origine roumaine, Alina Surubaru est arrivée en France en 2000 afin d’y effectuer un Erasmus, programme d’échange d’étudiants et d’enseignants entre les universités, les grandes écoles européennes et des établissements d’enseignement à travers le monde entier. En effet, après deux années de licence en science politique effectuées en Roumanie, elle avait le désir de rejoindre la capitale française pour sa dernière année de licence. L’année passée à Paris a été une véritable révélation pour Alina, qu’elle décrit comme une « bifurcation » dans son parcours professionnel : il lui paraissait évident d’effectuer son master en France. C’est ainsi qu’elle effectue un diplôme d’études approfondies en action publique à la Sorbonne puis une thèse de doctorat en sciences sociales à l’École Normale Supérieure. En lien avec ses origines, sa thèse a porté sur La fragilité des liens marchands, sociologie de la sous-traitance internationale avec une enquête menée auprès des producteurs roumains de l’habillement. Il s’en est suivi une multitude de post-doctorats et contrats lui permettant d’exercer ce qu’elle aime : la recherche en sociologie.

Obtenir un financement ANR, c’est un plus, car ça permet une stabilité financière pour le projet, mais ça permet aussi d’obtenir une certaine légitimité surtout pour un domaine comme le mien.

« Armer les esprits, souder les corps »

En 2012, Alina est recrutée par la chaire industrielle RESOH (Recherche en Sécurité, Organisation, Hommes), financée par d’importants groupes du secteur nucléaire. Elle y exerce des activités de socio-économie, tout en conservant un intérêt prononcé pour la sociologie. Certaines de ses missions sur le terrain se sont déroulées à Cherbourg, où elle a exploré des sites liés aux sous-marins nucléaires. Au cours de ces déplacements, elle a eu l’opportunité de rencontrer la Direction Générale de l’Armement (DGA), une rencontre qui a particulièrement éveillé sa curiosité. « Ça m’interpellait : qu’est-ce qu’un sous-marin, comment on organise les chantiers de construction, de démantèlement, qui est ce qui gère toutes ces questions de sûreté nucléaire… » raconte Alina Surubaru. Lorsqu’elle a été recrutée à Bordeaux, elle souhaitait continuer de travailler dans le secteur des sous-marins, toujours très intéressée par les problématiques des liens entre les traitants et les sous-traitants : « Dans le secteur du nucléaire, on est dans un cadre très différent du secteur du textile où humainement ça crée des relations particulières et où l’opportunisme est tout à fait accepté et acceptable » explique-t-elle. Cependant, Bordeaux n’étant pas le lieu d’activité des sous-marins mais plutôt des avions militaires, ses investigations se sont concentrées principalement sur la recherche liée aux contrats de maintenance de ces aéronefs. A son arrivée à Bordeaux, elle a obtenu deux financements significatifs, l’un au niveau régional et l’autre de l’ANR. Son projet « jeune chercheur » pour l’ANR se concentre sur la réparation prédictive, c’est-à-dire persuader le client de la nécessité de remplacer ou réparer une pièce en raison de son potentiel risque de dysfonctionnement dans un futur proche. Ce qui distingue son projet et le rend particulièrement enrichissant, c’est que la plupart de ses collaborateurs sont des étudiants, notamment des post-doctorants, des doctorants et des stagiaires de niveau master 2. Ce sont ces collaborations qui ont notamment permis à sa recherche de prendre un tournant en déplaçant son focus. En plus de l’étude des marchés, elle s’intéresse désormais au « réseau d’amitié » au sein du milieu de l’armement : étudier la cohésion du corps militaire, la cohésion du milieu. Enfin, concernant son obtention d’un financement ANR, Alina conclue :

 

« Obtenir un financement ANR, c’est un plus, car ça permet une stabilité financière pour le projet, mais ça permet aussi d’obtenir une certaine légitimité surtout pour un domaine comme le mien ». 

Photo prise en Corée du Sud lors d’une mission de terrain IHEDN en mai 2023.

© Alina Surubaru

Alina Surubaru et son équipe au salon Salon du Big data à Paris en septembre 2020.

Alina Surubaru et son équipe au salon Salon du Big data à Paris en septembre 2020.

© Alina Surubaru

Dépasser les préjugés sur les militaires : Au-delà des apparences, une réalité complexe.

Afin de conclure notre échange, nous avons souhaité discuter d’un préjugé qu’Alina souhaitait déconstruire. Dans le cadre de sa recherche, la chercheuse a choisi de nous parler du corps militaire qui est souvent associé à l’image d’un soldat rampant dans la boue ou infligeant la mort à un ennemi perçu. Contrairement à ce que l’on pourrait penser « il est étonnant de faire comprendre que le corps militaire ne se limite pas aux actes physiques de combat » explique Alina. Il englobe toute une gamme de professions contribuant à son existence. Le corps militaire, en particulier dans le milieu de l’armement, représente un ensemble hétérogène de personnes, comprenant des personnels civils et des personnels militaires. Il est donc en réalité caractérisé par une division importante du travail. Cela entraîne une certaine invisibilisation des réalités et des conséquences des actions du corps militaire.

L’objet qui résumerait sa recherche, serait le téléphone et en particulier les applications conversationnelles. Car si la recherche scientifique avance c’est avant tout grâce à la collaboration. Communiquer digitalement permet de concrétiser la sociabilité et créer une cohésion entre scientifiques à travers des échanges quotidiens visant à renforcer les liens. Échanger permet de « faire corps » complète Alina.

Léna Quartermaine

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]]> Thomas Trian https://corps.dealersdescience.com/thomas-trian/?utm_source=rss&utm_medium=rss&utm_campaign=thomas-trian Tue, 19 Dec 2023 14:14:16 +0000 https://corps.dealersdescience.com/?p=2160 ©Thomas Trian, université de Bordeaux Thomas Trian L’asthme et l’exploration des voies respiratoires Thomas Trian est enseignant-chercheur à l’université de Bordeaux. Il est membre de l’équipe de recherche remodelage bronchique du Centre de recherche cardio-thoracique de Bordeaux (CRCTB). C’est avec plaisir qu’il nous présente son parcours et ses recherches portant sur le rôle des cellules […]

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Photo de profil - Thomas Trian

©Thomas Trian, université de Bordeaux

Thomas Trian

L'asthme et l'exploration des voies respiratoires

Thomas Trian est enseignant-chercheur à l’université de Bordeaux. Il est membre de l’équipe de recherche remodelage bronchique du Centre de recherche cardio-thoracique de Bordeaux (CRCTB). C’est avec plaisir qu’il nous présente son parcours et ses recherches portant sur le rôle des cellules présentes dans le muscle lisse bronchique dans la maladie de l’asthme.

Pour ses travaux de recherches, Thomas Trian travaille au Centre de recherche cardio-thoracique de Bordeaux (CRCTB, laboratoire de recherche université de Bordeaux – Inserm). Ce laboratoire à également des liens forts avec l’Institut hospitalo-universitaire (IHU) Liryc de Bordeaux, entièrement dédié aux maladies du rythme cardiaque. Plus spécifiquement, il fait partie de l’équipe de recherche travaillant sur les poumons, nommée remodelage bronchique, qui se concentre sur une possible pathologie du corps, l’asthme. Thomas Trian est également impliqué dans les enseignements universitaires pour les pharmaciens en biochimie et de biologie moléculaire à l’université de Bordeaux.       

Un parcours allant de la recherche respiratoire à l’enseignement

Thomas Trian nous confie : « J’ai commencé mes études supérieures par un diplôme d’études universitaires générales (DEUG) à Angers, puis une licence et une maîtrise en biochimie à l’université Claude Bernard à Lyon. Ensuite, j’ai intégré la deuxième année du master biologie cellulaire, physiologie et pathologie à l’université de Bordeaux, ce qui m’a permis de passer le concours de l’école doctorale. Grâce à cela, j’ai obtenu une bourse de thèse, que j’ai réalisée à Bordeaux, autour de la thématique du remodelage du muscle lisse bronchique dans l’asthme. »

Ses études en France ont rendu possible son post-doctorat de trois ans en Australie à Sydney, au Woolcock Institute of Medical Research, qui est un centre mondialement réputé basé sur la recherche respiratoire. À l’issue de ces trois années, il a choisi de revenir à Bordeaux, d’abord en tant que post-doctorant pendant une année. Puis, il a obtenu un poste de maître de conférences en 2011 dans le laboratoire où il avait auparavant fait sa thèse (CRCTB). Cela fait maintenant deux ans, qu’il a été nommé professeur à l’université de Bordeaux.

En France, il y a encore près de 800 personnes qui meurent chaque année à cause de ce type de crise.

Les avancées de la recherche scientifique sur l’asthme

L’asthme est une maladie respiratoire chronique caractérisée par une inflammation des bronches. Thomas Trian se consacre à l’étude de cette thématique, il affirme que « l’asthme touche 10 % de la population ». Au sein de ce pourcentage, différents types de patient·e·s coexistent, rendant cette maladie pulmonaire extrêmement hétérogène. La majorité des asthmatiques sont considérés comme non-sévères, pouvant apaiser leur crise d’asthme occasionnelle à l’aide d’un médicament bronchodilatateur, ce dernier permettant une relaxation du muscle bronchique. 

Cependant, il existe une seconde catégorie d’asthme, dite sévère, qui nécessite des traitements qui actuellement ne sont pas efficaces. L’enseignant-chercheur, nous informe que « 5 à 10 % des personnes asthmatiques sont atteintes de cet asthme sévère. C’est plutôt vers eux que se destinent nos projets de recherches ».

Les cellules de muscle lisse bronchique qui recouvrent la paroi de nos bronches sont les principales cellules effectrices de ces crises chez les personnes asthmatiques. Leur nombre est augmenté dans la paroi bronchique des patient·e·s, elles se contractent et augmentent lors de ce phénomène appelé une exacerbation ou plus communément une crise d’asthme. Cette contraction réduit le diamètre de la bronche, entraînant une chute des capacités respiratoires chez les patient·e·s.

Schéma Poumon Asthme

© brgfx – Freepik

Dans cette thématique de recherche, l’objectif est de travailler sur ce muscle lisse et d’essayer de comprendre les raisons de sa prolifération abondante dans la paroi bronchique des patient·e·s asthmatiques. On sait aujourd’hui qu’il existe une véritable corrélation entre la quantité de ce muscle lisse bronchique, la gravité de la maladie et la fréquence des crises d’asthme. L’objectif est de comprendre le mécanisme de cette augmentation de masse de muscle lisse. Dans le but de cibler ce processus ultérieurement en l’inhibant à l’aide d’un médicament permettant de réduire la prolifération de ces cellules de muscle lisse bronchique chez les patient·e·s asthmatiques sévères

Est-ce que le travail de chercheur se fait seul ?

Thomas Trian déconstruit avec nous le préjugé du scientifique solitaire consacrant toute sa vie autour d’une seule problématique. 

« Ce préjugé n’est pas vrai, surtout dans les recherches en biologie santé qui évoluent constamment avec les retours des cliniques », affirme l’enseignant-chercheur. Grâce aux avancées thérapeutiques, nous pouvons explorer de nouvelles questions qui touchent directement les patient·e·s. Les retours pratiques des cliniciens, qui eux voient des patient·e·s quotidiennement, permettent aux chercheurs d’ajuster leurs questionnements et leurs hypothèses pour les thérapies potentielles de l’asthme. 

Aujourd’hui, les chercheur·e·s sont continuellement en interaction avec d’autres scientifiques spécialisé·e·s dans d’autres domaines. Les scientifiques autosuffisant·e·s sont maintenant rares, la recherche est tellement vaste qu’il faut des compétences intellectuelles et techniques qui deviennent de plus en plus spécifiques.

Pour aller plus loin :
Ameli, “Asthme Chronique”
Inserm, Article “ Une inflammation chronique des bronches de mieux en mieux contrôlée ”
Santé Publique France, “ Asthme ”

L’objet qui a suivi Thomas Trian dans ses recherches :

« Je choisis une cellule de muscle lisse bronchique, qui est à l’origine de mes recherches sur l’asthme. »

Images de microscopie à fluorescence sur des cellules de muscle lisse bronchique.

Images de microscopie à fluorescence sur des cellules de muscle lisse bronchique.
© Article Cell Report – Thomas Trian

Thomas Tessier

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]]> Déborah Corso https://corps.dealersdescience.com/deborah-corso/?utm_source=rss&utm_medium=rss&utm_campaign=deborah-corso Tue, 19 Dec 2023 14:10:30 +0000 https://corps.dealersdescience.com/?p=2224 © université de Bordeaux Déborah Corso Des racines à la cime : la survie des arbres face à la sécheresse Alors que les périodes de sécheresse s’intensifient et se rallongent, les arbres luttent discrètement pour leur survie. Déborah Corso, post-doctorante en écophysiologie des plantes au sein du laboratoire Biogeco de Bordeaux, travaille sur la réponse […]

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Photographie Déborah Corso

© université de Bordeaux

Déborah Corso

Des racines à la cime : la survie des arbres face à la sécheresse

Alors que les périodes de sécheresse s’intensifient et se rallongent, les arbres luttent discrètement pour leur survie. Déborah Corso, post-doctorante en écophysiologie des plantes au sein du laboratoire Biogeco de Bordeaux, travaille sur la réponse des arbres à cette aridité. Elle nous accueille dans son bureau, un matin étrangement ensoleillé et chaud de novembre.

S’intéresser aux végétaux : un parcours de longue durée

Lors de sa licence en biologie à Dijon, Deborah Corso s’intéressa d’abord à l’application de la biochimie. C’est au cours de travaux pratiques et d’expériences qu’elle décida de s’en détacher pour découvrir d’autres domaines de la biologie. L’initiation au cours d’écologie l’a beaucoup plus interpellé et captivé, mais pas spécialement les sciences végétales. Elle nous précise : « À la fac, les sciences végétales m’intéressaient peu, ça s’est vraiment développé avec le temps et les expériences. » Arrivée sur Bordeaux, elle effectue un master en biologie et fonctionnement des écosystèmes terrestres.

Une question restait en suspens : se diriger vers un master professionnel de terrain ou de recherche ? Pour y répondre, rien de mieux que d’aller voir directement au sein des laboratoires. Son stage de première année de master s’est effectué au sein même du laboratoire Biogeco. 

Au terme de son master, elle effectue sa thèse en Australie, toujours en lien avec le laboratoire Biogeco. Elle termine son doctorat en France, bloquée par l’épidémie de 2020. Actuellement en post-doctorat, cela fait maintenant deux ans qu’elle travaille sur un sujet de recherche bien précis.

Si nous travaillions seuls, chacun ferait la même chose dans son coin et ce serait impossible d’avancer.

« Les enjeux de la recherche sont aussi sociétaux. »

La forêt expérimentale de Floirac s’étend sur plus de douze hectares de verdure, avec le célèbre observatoire d’astronomie. C’est au cœur de cette forêt que Déborah Corso effectue ses recherches et récolte ses données. Avec l’aide d’un autre chercheur et le soutien d’un ingénieur, plusieurs questions se posent sur cette forêt.

D’abord, comment les espèces qui vivent dans ce milieu répondent aux fluctuations environnementales ? Déborah Corso souligne : « L’avantage, c’est que nous sommes dans un contexte urbain. Actuellement, revégétaliser les villes est une thématique qui est très en vogue, mais nous ne savons pas réellement comment les arbres réagissent en ville contrairement aux grandes forêts. » 

Depuis mars 2022, elle se questionne sur les réactions individuelles des espèces de cette forêt face aux changements climatiques, mais également l’effet feed-back de la forêt sur la ville. En d’autres termes, quantifier la surface de forêt nécessaire pour avoir un effet rafraîchissant sur les villes. Véritable projection sur la végétalisation future de nos villes, ces résultats de recherches seront directement applicables dans nos sociétés. 

Photographie dendromètre

Photographie dendromètre

© Déborah Corso

Les capteurs, outils essentiels pour comprendre les arbres

Déborah Corso s’intéresse à la physiologie des arbres, c’est-à-dire les fonctionnements internes de leur corps, mais aussi les dysfonctionnements. Les suivis se font de manière continue, avec des données arrivant toutes les demi-heures.

Les capteurs posés au sein de la forêt expérimentale de Floirac sont nombreux et jouent un rôle central. Des mesures de croissance radiale (diamètre de l’arbre) s’effectuent grâce à des dendromètres. Mais comment le diamètre d’un arbre nous informe sur les stratégies des arbres face à la sécheresse ?

« Nous utilisons la variabilité journalière d’un arbre : la journée, il transpire au niveau des feuilles et perd de l’eau. Cela se voit au niveau du diamètre grâce aux capteurs. La nuit, l’arbre se recharge en eau et le diamètre augmente. Il est intéressant de voir dans un cadre de sécheresse la différence de bilan en perte d’eau (ou non) entre les espèces », nous explique-t-elle.

En plus de cela, des capteurs de flux de sève : eaux et minéraux absorbés par les racines et montent dans l’arbre, sont disposés. Grâce à eux, il est possible de déduire la quantité d’eau transpirée par un arbre de manière journalière.

Beaucoup d’autres capteurs sont présents sur le domaine de Floirac. Suivi météorologique général, petites stations météo dispersées en forêt, des sondes allant à plus d’un mètre dans le sol pour mesurer la température et l’humidité… Tous ces facteurs sont importants pour restituer l’arbre dans son contexte exact. L’ensemble de l’environnement physico-chimique influence sur les arbres et leur fonctionnement, ils ne sont donc pas à omettre pour comprendre les dynamiques physiologiques.

La recherche en science végétale se fait-elle seule en pleine nature ?

Déborah Corso s’exclame : « Pour moi, c’est impossible de faire de la recherche dans son coin, je ne sais même pas si certains de mes collègues travaillent réellement seuls ! Et pour nous, ce serait tellement dommage de travailler sans collaboration ! »

Une des missions du métier de chercheur, c’est de communiquer avec la communauté scientifique, par les publications et les conférences notamment. Cela est nécessaire rien que pour effectuer des projets de recherches, les mettre en place, les mener à bien et ne pas faire les mêmes recherches simultanément. « Si nous travaillions seuls, chacun ferait la même chose dans son coin et ce serait impossible d’avancer. »

L’image des chercheurs en science végétale est souvent celle de journées entières aux côtés des plantes. Déborah Corso réagit : « Le terrain, ça dépend tellement du sujet de recherche et par période. Pour les six prochains mois, j’ai terminé d’aller sur le terrain : difficile de travailler sur les feuilles en automne et en hiver… » Le terrain, ce n’est pas toute l’année : il y a beaucoup de travail sur ordinateur. L’analyse de données prend énormément de temps, rien que pour nettoyer le jeu de données, le rendre exploitable (mettre les données sur la même unité par exemple). Déborah Corso ne met pas encore en lien les données, car il y a plus de 500 variables à nettoyer pour pouvoir les analyser ! Pour donner un ordre de grandeur, cela fait plusieurs mois qu’elle travaille sur cet aspect.

Pour aller plus loin :

Laboratoire Biogeco

Actualités de la forêt expérimentale

Podcasts sur la forêt de Floirac

Se levant de son bureau, Déborah Corso nous montre une grande sacoche : « Cette sacoche regroupe beaucoup de choses nécessaires à ma recherche. Déjà, une partie avec l’ordinateur et tout un tas de câbles, car nous récupérons les données directement sur les capteurs de manière manuelle. Il y a également tout une partie pour faire fonctionner les capteurs. Nos outils sur le terrain ont souvent besoin de petites réparations et d’ajustement, cette sacoche réunit le nécessaire d’un physiologiste de terrain ! »

Elisa Bezier

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